La desaparició de les plantes aquàtiques submergides, que colonitzaven tota la llacuna, suposa el primer pas de la degradació d'aquest ecosistema, al que ha seguit l'erosió de les illes de vegetació aquàtica emergent o mates (refugi de moltes aus), la saturació de la cubeta per llots, la reducció d'espècies de peixos i altres animals… resistint solament comunitats poc exigents, en detriment de les espècies que precisen d'ambients millor conservats. L’Albufera dels anys 60 queda molt lluny de l'estat ecològic que es pot veure avui dia.
Com a conseqüència de la degradació d'hàbitats es van perdre les prades de macròfits aquàtics, els peixos exòtics han desplaçat a gran part dels autòctons, les aus més tolerants ocupen els nínxols ecològics que haurien de gaudir un nombre molt superior d'espècies.
Són moltes les aus que depenen dels seus desplaçaments anuals, a la recerca de climes més benignes, per a la seua supervivència. Els aiguamolls suposen imprescindibles parades en aquestes rutes migratòries. D'aquells aiguamolls costaners que fa menys d'un segle esguitaven tota la costa del mediterrani espanyol, avui solament queden uns pocs i en estat de gran vulnerabilitat. Aquesta reducció i degradació d'aquestes “estacions de servei” en les autovies de l'aire, posa molt difícils les coses a les aus migratòries i compromet seriosament la seua conservació.